科技處分設三科，各科掌理下列事項：
一、科技行政科：
（一）農業科技相關法規制定、訂定及修正等幕僚作業。
（二）年度科技計畫先期作業與預算編製之規劃、協調及督導事項。
（三）會本部年度科技預算之控管。
（四）本會與所屬機關有關農業科技計畫之管理及督導。
（五）本會所屬機關與農業科技園區有關科技行政之聯繫、協調及督導。
（六）農業科技相關行政法人及財團法人之監督事項。
（七）全國科技動態調查與科技白皮書有關農業科技部分之協調及督導。
（八）農業科技審議委員會之幕僚作業。
（九）其他有關農業科技行政事項。
二、研究發展科：
（一）農業科技政策研擬及科技發展策略之規劃。
（二）農業科技發展中長期計畫與方案之研擬及督導。
（三）全國科技會議有關農業科技部分之協調、整合及督導考核。
（四）行政院科技顧問會議有關農業科技部分之協調、整合及督導考核。
（五）農業科技績效評估與科技機構組織評鑑之策劃、推動及督導。
（六）前瞻性、跨領域農業科技研發之策劃、推動及督導。
（七）農業科技產學合作計畫之規劃、協調及督導。
（八）其他有關農業科技研究發展事項。
三、技術服務科：
（一）農業科技研發成果衍生智慧財產權管理與技術移轉之規劃及督導。
（二）農業科技研發成果發表、推廣、運用之策劃、推動及督導。
（三）農業科技人才培訓之策劃、推動及督導。
（四）農業科技資訊之蒐集、建檔及提供服務。
（五）其他有關農業科技技術服務事項。