行政院農業委員會農業藥物毒物試驗所（以下簡稱本所）掌理下列事項：
一、農產品中農藥殘毒與毒性物質之分析、調查、預防、管制、安全評估標準之研訂及農民安全用藥之指導事項。
二、農藥與代謝產物或其他毒性物質之毒性測試及協助安全使用農藥之試驗研究事項。
三、農藥及毒物之有機合成技術之研究、農藥配方製劑之改進、農藥成品品質分析、標準規格之試驗研究事項。
四、低毒性天然物、微生物及其產物、化學傳迅素等生物化與生化制劑標準規格及品質管制之試驗研究事項。
五、殺草劑、殺菌劑、生長調節劑、微生物製劑、殺蟲劑與殺鼠劑等有關農藥使用及整合性植物保護規範之研訂事項。
六、雜草、農藥、公害污染物在農業環境中之分布與其對農作物生長及品質影響之試驗研究事項。
七、農藥及毒物科技發展資訊服務、農藥安全使用推廣教育、經濟效益評估與受委託辦理農藥登記試驗及資料綜合分析等服務事項。