秘書室分設二科，各科掌理下列事項：
一、第一科：
(一) 中央長官、來賓參訪安排接待等事宜。
(二) 記者會及媒體專訪之安排接待等事宜。
(三) 本會新聞發布、聯繫等公共關係事項。
(四) 輿情反映分析。
(五) 國會聯絡事項。
(六) 提供本會首長、副首長施政所需資料暨彙總答復立法委員質詢等資
料。
(七) 本會有關立法院業務報告彙編。
(八) 其他交辦事項。
二、第二科：
(一) 關於本會議事、機要事項。
(二) 關於機要文件之處理及保管事項。
(三) 關於印信典守事項。
(四) 關於公文之收發、分辦事項。
(五) 關於公文之繕校、稽催、查詢事項。
(六) 關於檔案之點收、整理、分類、編案、保管及檢調事項。
(七) 關於檔案之清理、移轉、銷燬事項。
(八) 關於檔案典藏、防火、防潮、防蛀事項。
(九) 關於財產、物品等之採購、驗收事項。
(十) 關於辦公廳舍之營繕、維護、環境清潔管理事項。
(十一) 關於本會暨所屬機關未來合署辦公地點之選址及建築設計、施工
圖說及施工說明書之規劃擬訂及審核。
(十二) 本會各項招標及小額採購等。
(十三) 辦公大樓有關行政事務協調聯繫。
(十四) 關於車輛之租用、登記、檢驗、調派、油料管理及保養維修事項
。
(十五) 關於會議場所之佈置事項。
(十六) 關於駕駛、技工、工友之僱用、管理、考核事項。
(十七) 關於財產、物品等之管理事項。
(十八) 關於辦公用品之領發、保管事項。
(十九) 關於財產表冊之編製、盤點、報廢事項。
(二十) 關於經費之出納及票據、有價證券之保管事項。
(二十一) 關於圖書資料之整理、保管、陳列事項。
(二十二) 本會員工薪資、各項獎金及加班費等表冊編造、轉帳存款劃撥。
(二十三) 本會各類代收、代扣款項之轉存及繳庫作業。
(二十四) 本會員工年度所得扣繳憑單製發。
(二十五) 首長、副首長特別費核銷事項。
(二十六) 本會員工輔購住宅貸款事項及彙辦。
(二十七) 本會委員會議之彙辦及紀錄分行事項。
(二十八) 行政院施政方針、本會中程施政計畫、年度施政計畫之彙編；
(二十九) 本會年度績效彙編。
(三十) 行政院與本會權責劃分規定及本會分層負責明細表修訂事項。
(三十一) 本會出版品管理作業及出國報告彙編。
(三十二) 院長信箱、監察系統及立委質詢系統案件彙編。
(三十三) 本室綜合性業務。
(三十四) 其他交辦事項。