秘書室分設三科，各科職掌如下：
一、第一科
(一) 關於本會施政方針、施政計畫、施政報告彙編事項。
(二) 關於重要措施、年鑑、行政概況之彙編事項。
(三) 關於法制案件協調聯繫及整理事項。
(四) 關於年度考成事項。
(五) 關於公文稽催查考及重要案件之追蹤管制事項。
(六) 關於公共關係及新聞發布事項。
(七) 關於國會聯繫及質詢之答復事項。
(八) 其他不屬於各處室綜合性業務事項。
二、第二科
(一) 關於公文收發、登記、編號、傳遞、送檔事項。
(二) 關於印信典守事項。
(三) 關於文書印繕校對事項。
(四) 關於機要文書處理事項。
(五) 關於委員會議、業務會議等重要會議之議事事項。
(六) 關於檔案管理事項。
(七) 其他有關文書議事事項。
三、第三科
(一) 關於財產 (物品) 之購置、登記與管理事項。
(二) 關於文件書刊之印刷事項。
(三) 關於建築修繕、消防警衛、環境保護及清潔衛生事項。
(四) 關於房舍、車輛、通信工具之防護與管理事項。
(五) 關於技工、司機、工友考勤、調配管理事項。
(六) 關於現金、票據之出納與保管事項。
(七) 其他有關庶務事項。