海務課掌理有關巡緝艦艇、無線電管理事宜。分設三股並直轄各巡緝艦艇
，各股及各巡緝艦艇之職掌如左：
一、總務股：
(一) 艦艇、關艇技工人事及關艇之管理。
(二) 辦理文書、庶務、勤務規劃及海務財務與庫房之管理。
(三) 其他行政事項之辦理。
二、船機股：
(一) 艦艇及關艇建造、歲 (檢) 修及驗證申請事項之辦理。
(二) 艦艇及關艇輪機物 (油) 料之審核及管理。
三、無線電監理股：
(一) 艦艇通訊密碼 (語) 之控管。
(二) 無線電 (語) 之監理及設備之維修。
四、各巡緝艦艇：
(一) 船體艙面設備及航海儀器之保養與維護。
(二) 海上巡緝及外海漁船臨檢等事項。
(三) 輪機設備之保養與維護。
(四) 無線電 (話) 臺設備之保養與維護。
(五) 一般行政管理事項。