保稅課掌理保稅倉庫、保稅工廠之設立、管理，保稅物品之通關及稅捐記
帳等事宜，分設三股，各股之職掌如左：
一、業務股：
(一) 保稅工廠、保稅倉庫之設立登記及管理。
(二) 保稅倉庫貨物進儲及出倉數量之登記、核銷。
(三) 外銷廠商申請自行具結記帳案件之處理。
(四) 保稅工廠報單之收單、建檔、審核及簽放。
(五) 各類稅捐記帳報單之收單、建檔、審核及簽放。
(六) 進口稅則號別、稅率之核定及完稅價格之核估。
(七) 視同進出口報單副本之審核、核發、勾稽、補發及更正。
(八) 保稅工廠產品、副產品、原料、呆料及其他物料內銷或轉售其他保
稅區堿案件之審理。
(九) 保稅業務費之徵收。
(十) 輸入許可證之核銷，稅費之核計及稅單之列印。
(十一) 進口證明書及貨物稅照之核發。
(十二) 違章及異議案件之辦理。
(十三) 報單之整理、歸檔及銷毀。
二、查核一、二股：
(一) 保稅工廠設立之勘查、轉導及接管。
(二) 保稅工廠之帳冊及有關單證之稽核。
(三) 審核產品單位用料清表。
(四) 保稅工廠庫存保稅物品之抽查。
(五) 辦理保稅工廠之各種盤存及審核盤存統計表、結算報告表。
(六) 審核保稅工廠申請廠外加工及受託加工案件之核准、查核及銷案。
(七) 審核保稅工廠存倉或在製品災變案件之審核、處理。
(八) 監督銷燬或處理各種次品、呆料及廢料下腳事宜。
(九) 申請租用廠外倉庫案件之受理及勘查。