綜所稅課掌理事項如下：
一、綜合所得稅之申報收件、申報及未申報案件之查核、徵收、更正。
二、各類所得扣（免）繳憑單與股利憑單之申報收件及更正。
三、扣繳與非扣繳資料查核、通報及更正。
四、租賃所得檢舉案件之調查。
五、綜合所得稅災害損失報備案件之查核及財產交易損失證明之核發。
六、綜合所得稅復查案件之受理轉陳。
七、遺產稅及贈與稅之申報收件、櫃檯化案件之審查、核定及相關證明書之核發。
八、全功能櫃檯服務作業。
九、綜合所得稅未送達、行政救濟、更正案件之欠稅清理。
十、其他有關綜合所得稅、遺產及贈與稅事項。