審查四科掌理營業稅之調查、稽徵、核定及相關行政等事宜。分設二股，
各股之職掌如下：
一、稽徵行政股：
（一）預算之規劃、編製、分配、分析及督導。
（二）法令疑義之請釋及解答。
（三）各項稽徵計畫、責任目標之擬訂。
（四）應用書表之增、修訂。
（五）各項稽徵報表之統計及分析。
（六）統一發票印製、發售、配號、調撥及銷燬等相關事項之規劃管理。
（七）統一發票給獎有關事項。
（八）開立統一發票績優營業人之推薦及選拔。
（九）辦理營業人申請自行印製收銀機統一發票案件（含取消營業人自行
印製收銀機統一發票）。
（十）辦理營業人總分支機構合併總繳或撤銷總繳營業稅之申請案件。
（十一）辦理營業人申請放棄或恢復適用免稅規定案件。
（十二）其他行政事項之處理。
二、專案查核股：
（一）財政部年度性遏止逃漏查核專案作業計畫之擬訂及執行。
（二）因地制宜查核專案作業計畫之擬定及執行。
（三）重大違章漏稅案件之查核。
（四）各項查核成果彙整及簽報。
（五）專案查核案件之分案、派查及管制。
（六）新課稅資料需求之研提及審查階段課稅資料之通報處理。
（七）分局、稽徵所年度專案查核作業之督導及考核。
（八）違規營業通報事項。