業務二組掌理事項如下：
一、出口貨物通關；出口報單審核、副本核發及報單管理；出口貨物退關、註銷及轉船、復運出口案件之處理。
二、報關業、運輸業、貨棧業、貨櫃集散站之設立登記及管理。
三、違章及行政救濟案件之處理。
四、麥寮工業港、麥寮工業區區內廠商之進出口通關業務，港區船舶、貨櫃（物）、車輛之抽核監視。
五、關務、緝私法規制（訂）定、修正、廢止之法制作業及法規適用疑義之研議、闡釋。
六、緝私案件、私貨及逾期不退運貨物等相關事項之處理。
七、復查案件之佐理作業；檢舉、密報案件之登錄及通報；國家賠償案件之處理。
八、徵補稅費與處罰鍰案件之保全、催繳、強制執行及限制出境之通報。
九、軍警與其他機關移送案件緝私報告之撰寫及行政救濟案件之答辯。
十、其他有關出口貨物通關及法務事項。