綜合規劃科掌理研究發展、規劃設計、管制考核及各稅審查案件之覆核等
事項。分設二股，各股之職掌如下：
一、規劃股
（一）全局業務方針或施政計畫之彙編、聯繫及列管作業。
（二）各單位企劃人力配置方案之研擬。
（三）研究發展之規劃、推動暨管制。
（四）稽徵業務檢討作業之推動及簡化稽徵程序之推展。
（五）稽徵作業手冊檢討、增（修）訂。
（六）各項稽徵功能間之協調、聯繫。
（七）本局分層負責明細表之檢討及增修訂。
（八）審計部抽查案件之管制及其查核結果之聲復。
（九）人民申請書表及定型函稿增（修）訂。
（十）組織調整案之規劃。
（十一）國稅查核技術手冊行政作業管制。
（十二）圖書資料庫管理。
（十三）各稅審查案件之覆核。
（十四）其他上級交辦事項。
二、管考股
（一）稽徵作業計畫及責任目標之研議，暨執行情形評估及彙總分析。
（二）公文之檢核，逾期公文之催辦、公文電子交換之推動。
（三）各項稅源及稅收統計之分析與研究。
（四）財政部稽徵業務考核之執行與檢討。
（五）覆核調整及復查核減評議案件之彙辦。
（六）本局網路化政府及線上申辦項目之規劃與時程之管制。
（七）人民申請案件處理時限表之檢討與修訂。
（八）立、監委巡察資料彙編及準備事宜。
（九）本局敘獎原則之檢討及修訂。
（十）本局年度稽徵業務考核相關事宜。
（十一）全國賦稅會報提案及書面報告彙編暨會報決議事項執行情形管制
。
（十二）本局與高雄市稅捐稽徵處聯繫會議相關作業及執行情形管制。
（十三）行事曆及其他管制事項之增修訂、編印及管制。
（十四）民意代表代轉人民陳情案件之處理及管制。
（十五）稅務獎勵金核發相關事宜。
（十六）局務會報書面資料彙編及本局重要業務資訊編製。
（十七）各項會報重要決議事項及重要業務交辦案件之管制。
（十八）各稅覆核案件之派查、管制、移送及績效統計等相關作業。
（十九）其他上級交辦事項。