本部掌理下列事項：
一、農業政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、農業資源永續利用政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
三、農民輔導政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
四、畜牧業、動物保護政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
五、農業科技政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
六、國際、兩岸農業貿易合作政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
七、農業資訊管理、資通訊應用發展政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
八、所屬機關辦理農糧、漁業、動植物防疫檢疫、林業、自然保育、水土保持與農村發展、農田水利、農業金融與農業保險及農業科技園區之督導。
九、所屬機構辦理農業、林業、水產、畜產、獸醫科技、農業藥物、生物多樣性、區域性農業、植物種苗、特用作物等試驗研究之督導、協調及推動。
十、其他有關農業事項。