各該主管機關或受託評鑑機構應依下列程序，辦理本評鑑工作：
一、擬訂評鑑實施計畫，經評鑑會審議通過及各該主管機關核定後，由各該主管機關於辦理評鑑開始六個月前公告及通知受評鑑學校及幼兒園。
二、前款評鑑實施計畫內容應包括評鑑項目、指標、對象、方式、程序、期程、講習、評鑑結果處理、申復、申訴、追蹤輔導、倫理、迴避及其他相關事項。
三、辦理評鑑說明會，向受評鑑學校或幼兒園，詳細說明評鑑實施計畫、評鑑指標及其判定基準。
四、籌組評鑑小組，接受評鑑會之督導，執行評鑑事務。
五、辦理評鑑講習會，向評鑑小組委員說明評鑑實施計畫、評鑑指標及其判定基準、評鑑小組委員之任務與角色。
六、依評鑑實施計畫辦理評鑑。
七、於所有學校及幼兒園受評鑑結束後三個月內，完成評鑑報告初稿，並函送各受評鑑學校及幼兒園。
八、評鑑結果經評鑑會確認後，各該主管機關應公布評鑑結果，並將評鑑報告書送達受評鑑之學校及幼兒園。
九、辦理評鑑檢討會，邀集評鑑小組委員針對評鑑實施計畫、評鑑指標與其判定基準、評鑑小組委員之任務與角色及其他相關執行情形，予以檢討。