我國於印度洋之年度漁獲總配額（以未處理之全魚重量計，以下稱配額者，亦同），及各鮪延繩釣漁船之單船配額，由主管機關依各養護管理措施公告之。
配額限制魚種之年度漁獲總配額，依下列比率分配予大釣船、小釣船。但主管機關依
第三十一條第一項規定公告可申請分配之大目鮪或黃鰭鮪配額，不在此限：
一、大目鮪：大釣船百分之八十五點七；小釣船百分之十四點三。
二、黃鰭鮪：大釣船百分之四十三；小釣船百分之五十七。
配額限制魚種漁獲量達第一項年度漁獲總配額百分之九十五，主管機關得令鮪延繩釣漁船限期停止捕撈該配額限制魚種。
大釣船或小釣船漁獲量達第二項所分配配額百分之九十五，主管機關得令大釣船或小釣船限期停止捕撈該配額限制魚種。
第一項配額使用期間為當年度一月一日至十二月三十一日。
當年度我國於印度洋賸餘之漁獲總配額，由主管機關統籌運用。
小釣船得經主管機關同意，取得最多二艘已放棄汰建資格小釣船之單船配額。該小釣船滅失後，依漁船建造許可及漁業證照核發準則取得其汰建資格建造之漁船，承受原取得之單船配額。