本條例所需經費上限為新臺幣六百億元，得視情勢變化擬訂相關計畫，分期編列特別預算；其預算編製與執行不受預算法
第二十三條、
第六十二條及
第六十三條規定之限制。
前項所需經費來源，得以移用以前年度歲計賸餘或舉借債務支應；其每年度舉借債務之額度，不受公共債務法
第五條第七項規定之限制。中央政府總預算及特別預算於本條例施行期間之舉債額度合計數，不得超過該期間總預算及特別預算歲出總額度合計數之百分之十五。
本條例施行期間，中央政府所舉借之一年以上公共債務未償餘額預算數，應依公共債務法
第五條第一項規定辦理。
地方執行機關辦理本條例及災害防救法規定事項所需經費，中央政府得覈實給予補助。中央執行機關並得同意受補助之地方政府以代收代付方式執行。
為因應各項災區救災及復原重建工作之緊急需要，中央執行機關得報經行政院同意後，於第一項特別預算案未完成法定程序前，先行支付其一部分，並送立法院備查。
中央政府補助地方執行機關之經費，地方執行機關應依補助之目的及項目支用，不得移作他用。