本局秘書室職掌如左：
一、公文稽催、管制、統計、考核等事項。
二、文書處理改進之研議、整理、建議等事項。
三、史政資料之蒐集及編篡事項。
四、機要文電之收發、管理及機密案件之處理事項。
五、文稿複核及各單位業務之協調事項。
六、印信典守事項。
七、院會、部務會報、局務會報等之指示事項之列管事項。
八、輿論資料之處理、新聞發布、綜合性氣象簡報資料之提供事項。
九、通訊刊物之編訂及發行事項。
十、有關公共關係之協調及聯繫事項。
十一、年終業務檢討會之籌備事項。
十二、提供立法院、國民大會及監察院書面業務資料及應接事項。
十三、氣象法規之研訂及修正事項。
十四、各項合約規章之訂定、審查、修正等之協調及會核事項。
十五、國家賠償、訴願、一般法律事務等會辦及處理事項。
十六、有關氣象動員之策劃、聯繫、執行等事項。
十七、文書處理及檔案管理有關事項。
十八、技術性儀器、器材、一般財務等之購置、登記、保管、供應、調配、處理等事項。
十九、有關市場調查與廠商徵信調查事項。
二十、採購儀器及器材之報關、提領、驗收等事項。
二十一、房屋之修繕、分配、管理等事項。
二十二、車輛、辦公處所、環境衛生之維護及管理事項。
二十三、工友、司機、技工之訓練及管理事項。
二十四、現金及票據之收付及保管事項。
二十五、空調及水電設施之規劃、申請、維護、管理等事項。
二十六、電話之申裝、撤銷、管理等事項。
二十七、營繕工程之規劃、設計、招標、管理等事項。
二十八、員工交通及繕食之管理事項。
二十九、離島氣象站交通運輸之安排及協調事項。
三十、員工薪津及實物代金之領發及各類經費之出納事項。
三十一、財產管理及產物保險事項。
三十二、各項所得稅、公（勞）保費、公賻金、貸款等之扣繳事項。
三十三、防護團業務之策劃及管理事項。
三十四、戰備器材及國防整備器材之倉儲管理事項。
三十五、不屬於其他各組、室、中心事項。
三十六、其他交辦事項。