會計室職掌如下：
一、本局單位預算及民航事業作業基金預算之籌編與分配事項。
二、本局單位預算及民航事業作業基金預算之執行、控制及財務之稽核事項。
三、本局會計憑證之審核、編製及送審事項。
四、本局會計簿籍之登記、會計報告及績效報告之編製事項。
五、本局單位預算及民航事業作業基金預算財產增減之審核及統制帳之登記事項。
六、本局經費流用及保留之申辦事項。
七、本局支票之會簽、庫存現金、票據及銀行存款之查點事項。
八、本局單位決算及民航事業作業基金決算之彙核及編製事項。
九、本局採購案件之會核及會同監辦事項。
十、本局債權、債務及各種契約合同之會核登記事項。
十一、本局單位預算歲入及民航事業作業基金收入之稽征報繳及收費費率之研擬事項。
十二、本局財務調度之研擬事項。
十三、本局會計制度及財務法規之研擬及修訂事項。
十四、本局及所屬會計機構之設置及會計人員任免、遷調、考核、獎懲等會計人事之擬議辦理事項。
十五、國籍航空公司之財務案件審核與財務查核、會計報告及其他規費之審核事項。
十六、立法院預算備詢相關資料之彙辦。
十七、審計部審核通知事項之處理及核復。
十八、公務統計方案之策訂及修訂。
十九、本局公務統計資料之蒐集、彙整、查核、編報及分析事項。
二十、國際民航統計資料之蒐集、編報及分析。
二十一、辦理各項調查統計。
二十二、其他交辦事項。