空運組職掌如下：
一、民用航空運輸業、航空貨運承攬業、普通航空業、航空站地勤業、空廚業及航空貨物集散站經營業，設立之審議、給證事項。
二、民用航空運輸業、航空貨運承攬業、普通航空業、航空站地勤業、空廚業及航空貨物集散站經營業營運之管理、督導及相關法規之研議修正事項。
三、民營飛行場設立之審議、給證、營運督導及相關法規之研議修正事項。
四、民用航空運輸業及普通航空業借用軍用機場之協調事項。
五、航空客、貨運運價、航空貨運承攬業及航空站地勤業費率之審核事項。
六、國內機場時間帶協調事項。
七、國內航線、起降額度分配及收回之審議事項。
八、旅客與民用航空運輸業者間權益糾紛之協助調處及其申訴案件之處理事項。
九、中外民用航空運輸業定期班機及不定期飛航申請之審核事項。
十、中外民用航空器出入及飛越國境之審核事項。
十一、民用航空運輸業新開航線試航之綜合彙辦事項。
十二、外籍民用航空運輸業於中華民國境內委託總代理之審核事項。
十三、民用航空運輸業相互間有關租借、相繼運送及代理契約之審核事項。
十四、空運便利業務之改進建議事項。
十五、空運緊急調配事項。
十六、航空站空運作業經營管理之督導事項。
十七、場站消防設施之使用管理督導事項。
十八、普通航空業飛航申請之審核事項。
十九、劫機及破壞事件之配合處理事項。
二十、其他交辦事項。