本基金之用途如下：
一、原住民貸款業務：
（一）原住民族事業貸款。
（二）原住民族新創事業貸款。
（三）原住民族微型經濟活動貸款。
（四）其他政策性貸款。
二、原住民信用保證業務：
（一）原住民經濟產業貸款信用保證。
（二）原住民建購、修繕住宅貸款信用保證。
三、天然災害原住民住宅重建專案貸款。
四、住宅之興辦、租售、建購及修繕。
五、人體研究計畫目標群體之健康醫療照護或其他相關用途支出。
六、原住民族土地業務：
（一）原住民族土地內從事土地開發、資源利用、生態保育、學術研究與限制原住民族利用原住民族土地及自然資源之回饋或補償支出。
（二）原住民保留地規劃、管理、利用及經濟發展事務支出。
七、原住民族地區溫泉資源開發、經營、利用之規劃、輔導及獎勵支出。
八、促進原住民族或部落文化發展支出。
九、原住民族就業基金支出。
十、管理及總務支出。
十一、其他有關支出。
前條第三款原住民保留地租金收入、第四款及第五款之收入，應分別專供前項第六款第二目、第七款及第八款用途之用。