醫務計畫處掌理下列事項：
一、軍醫政策、制度之規劃及策訂事項。
二、軍醫組織編裝 (含組織再造) 之規劃、核議及督導事項。
三、國軍醫療機構經營機制與績效管理之規劃、核議及督導事項。
四、本局及所屬機構中、長期發展計畫之核議及督導事項。
五、國軍生產及服務作業基金醫療作業之規劃、核議及督導。
六、國軍醫勤獎助金之規劃及核議事項。
七、國軍衛生統計相關業務之規劃、管理及督導事項。
八、全民健康保險醫療業務之協調、督導及執行事項。
九、本局及其所屬機構醫務資訊作業之規劃及督導事項。
十、綜理研考業務事項。
十一、其他有關醫務計畫事項。