醫療保健處掌理下列事項：
一、國軍醫療專業政策之策訂、核議及督考事項。
二、國軍各項體檢及選兵醫學業務策訂、審議及督考事項。
三、軍醫人員專業教育、進修、講習及參訪之規劃、核議及督導事項。
四、國軍航空、潛水醫學及軍陣醫學政策之規劃及督導事項。
五、國軍醫學研究、醫療科技之核議及督導事項。
六、國軍預防保健全般業務之規劃、核議及督導事項。
七、國軍醫療服務、陳情與糾紛之協處及督導事項。
八、國軍醫院業務輔導與評鑑作業之規劃、督導及執行事項。
九、國軍優良醫護人員選拔及表揚之規劃及執行事項。
十、其他有關醫療保健事項。