在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層從事海洋科學研究者，應由申請人填具申請書連同計畫，依下列規定提出申請：
一、臺灣地區之自然人、私法人、民間團體或機構單獨為之者，應於研究預定開始日期四個月前，向主管機關申請許可。
二、大陸地區大學校院或學術研究機構與臺灣地區大學校院或學術研究機構合作為之者，應於研究預定開始日期六個月前，經由合作之臺灣地區大學校院或學術研究機構向主管機關申請許可。
三、外國大學校院、學術研究機構或國際組織之研究人員單獨或與臺灣地區大學校院或學術研究機構之研究人員合作為之者，應於研究預定開始日期六個月前，經由中華民國駐外使領館、代表處或辦事處向主管機關申請許可。但其本國在中華民國設有使領館、代表處、辦事處或其他該國政府授權機構者，得經由該等機構向主管機關申請許可。
逾前項規定期限提出申請，且未敘明正當理由者，不予受理。
第一項申請書及計畫之內容及格式，由主管機關定之。