本法所定中央主管機關之主管事項如下：
一、全國性廢棄物清理政策、方案與計畫之策劃、訂定及督導。
二、全國性廢棄物清理法規之訂定及釋示。
三、全國性廢棄物清理工作之督導、獎勵、稽查及核定。
四、全國性廢棄物清理人員之訓練及管理。
五、公民營廢棄物清除處理機構管理政策之訂定及督導。
六、廢棄物檢驗測定機構之許可及管理。
七、全國性廢棄物清理之研究發展及宣導。
八、廢棄物清理之國際合作及科技交流。
九、廢棄物輸入、輸出、過境及轉口之督導。
十、有害事業廢棄物輸入、輸出、過境及轉口之同意。
十一、資源回收管理基金之管理及運作。
十二、涉及二直轄市、縣（市）以上廢棄物清理之協調及督導。
十三、其他有關全國性廢棄物清理事項。