學校主管機關於學校調查處理校園性別事件時，應對學校提供諮詢服務、輔導協助、適法監督或予以糾正。
學校主管機關認學校性別平等教育委員會未依法召開會議、召開會議後應審議而未審議、調查有程序或實體瑕疵，或調查處理結果有適法疑義時，於學校申復程序完成前發現，應敘明理由，通知學校於申復程序中合併處理；未及於申復程序中合併處理，或屆申復期限未提出申復，應敘明理由，限期交回學校性別平等教育委員會審議。
主管機關依前項規定交回學校性別平等教育委員會審議後，學校性別平等教育委員會屆期未依法審議、審議結果仍有違法或不當之虞者，主管機關得敘明理由逕行提交所設性別平等教育委員會審議，其決議視同學校性別平等教育委員會之決議。
有前項情事之學校，經主管機關審議認有違失者，主管機關應納入學校評鑑、扣減獎（補）助或行政考核之依據，並追究相關人員責任。