本部遴選學術獎得獎人之程序如下：
一、依學術領域設置人文及藝術、社會科學、數學及自然科學、生物及醫農科學、工程及應用科學五類科，分別組成審議小組，聘請聲望卓著之學者、專家九人至十一人擔任委員，並由本部學術審議會（以下簡稱學審會）之工作小組指定召集人。
二、審議小組就推薦案件學術研究及教學表現詳細審閱並充分討論後，進行初審。
三、初審通過者由審議小組將每一被推薦人之相關資料，分別送請學者、專家三人或四人評審後，再由審議小組進行複審，並向工作小組推薦學術獎候選人。
四、工作小組應就前款被推薦學術獎候選人各項審查結果審議後，擬具學術獎候選人名單，提請學審會全體委員會議審議。
五、學審會全體委員會議審議結果，應有全體委員二分之一以上之出席及依下列規定之一通過，並依得票數高低遴選學術獎得獎人：
（一）出席委員三分之二以上之同意。
（二）出席委員過半數之同意，且被推薦學術獎候選人所屬類科委員二分之一以上之出席及經該類科出席委員三分之二以上之同意。
六、遴選之學術獎得獎人數未足額時，經學審會全體委員會議二分之一以上之委員出席及出席委員過半數之同意，得繼續進行投票一次；其投票結果仍未達前款所定同意數者，該部分之名額從缺。