適用本辦法獎勵之民間機構，應自各該交通建設開始營運後，申報有課稅所得者，自申報日起六個月內，其申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，自核定日起六個月內，檢具下列文件向財政部申請核定免納營利事業所得稅：
一、公司登記證明文件影本。
二、主管機關核准參與交通建設之文件。
三、目的事業主管機關核發之營業許可證或執照影本。
四、主管機關審核交通建設符合
第三條第一項所定免稅獎勵範圍之證明書。
五、申報有課稅所得者，為營利事業所得稅結算申報書收據聯影本；其申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，為營利事業所得稅之核定通知書影本。
六、目的事業主管機關查核證明之機器、設備清單；清單上應載明機器設備名稱、性能、用途、廠別、出廠、購入或進口日期、數量、金額。