民間機構參與重大公共建設，實際投資達本法重大公共建設範圍規定要件並開始營運，且其所得稅結算申報自行申報該重大公共建設有課稅所得者，應自所得稅結算申報日之次日起六個月內；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起六個月內，檢具下列文件，向財政部申請核准免納營利事業所得稅：
一、公司登記證明文件影本。
二、主辦機關核准參與重大公共建設之文件。
三、重大公共建設主辦機關核發之營運證明文件影本。
四、主辦機關審核重大公共建設符合
第三條第一項所定免稅獎勵範圍之證明書；證明書上應載明民間機構名稱、統一編號、地址、申請日期、重大公共建設類別、參與重大公共建設之方式、主辦機關核定參與重大公共建設之日期、開始營運之日期、符合本法重大公共建設範圍規定要件及其日期、免稅所得項目、實際投資金額（不含土地）。
五、重大公共建設申報有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅結算申報書收據聯影本；其申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅核定稅額通知書影本。以上情形，並均應檢附該重大公共建設之課稅所得計算表。
六、主辦機關查核證明之機器、設備及新建主體建物清單；清單上應載明截至有課稅所得之年度末日止，重大公共建設所購置或興建機器、設備之名稱、性能、用途、廠別、出廠、購入或進口日期、數量、金額及新建主體建物之工程成本明細表。
前項重大公共建設申報有課稅所得者，民間機構應於辦理有課稅所得之年度所得稅結算申報期間屆滿前；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起三個月內，向主辦機關申請核發前項第四款所定證明書及第六款所定機器、設備及新建主體建物清單。主辦機關應自民間機構申請之次日起三個月內核發，並副知財政部賦稅署及民間機構所在地之稅捐稽徵機關。