民間機構有本法
第五十二條或
第五十三條規定情事，經主辦機關終止投資契約者，應依下列規定辦理：
一、終止投資契約之原因不可歸責於民間機構者，其未經核定賸餘期間之營利事業所得稅，不得繼續依本辦法適用免稅。
二、終止投資契約之原因可歸責於民間機構者，應向稅捐稽徵機關補繳已免納之營利事業所得稅額，並自免納年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
民間機構已依本法
第三十六條規定免納營利事業所得稅，經主辦機關認定其參與之公共建設不符合本法
第三條第二項規定之重大公共建設範圍者，應向稅捐稽徵機關補繳全部已免納之營利事業所得稅額，並自免納年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
主辦機關依第一項規定終止投資契約，或依前項規定認定民間機構參與之公共建設不符合本法
第三條第二項規定之重大公共建設範圍時，應即敘明事由及認定依據，通知該民間機構所在地之稅捐稽徵機關。