本部之次級機關及其業務如下：
一、調查局：執行國家安全維護、機關保防、貪瀆、賄選、重大經濟犯罪、毒品犯罪及洗錢等之調查防制事項。
二、行政執行署：規劃及執行公法上金錢給付義務之強制執行事項。
三、廉政署：規劃廉政政策及執行反貪、防貪及肅貪事項。
四、矯正署：規劃矯正政策，指揮、監督所屬矯正機關（構）執行收容人之戒護管理、教化輔導、衛生醫療、假釋審查、作業及技能訓練等事項。
五、最高檢察署：提起非常上訴、指揮偵查及辦理其他法令所定職務之執行事項。
六、臺灣高等檢察署：辦理與指揮監督所屬各級檢察署及其檢察分署實施偵查、實行公訴、刑事執行及其他法令所定職務之執行事項。