主管機關應視海域特性，辦理下列項目之海域環境水質監測作業：
一、應監測項目：
（一）海域水文：水溫。
（二）海域水質：鹽度、氫離子濃度指數（pH）、溶氧量（DO）。
（三）其他經中央主管機關指定之項目。
二、選擇監測項目：
（一）海域水文：流速、流向、波高、波向、波浪週期。
（二）海域水質：懸浮固體（SS）、水中光強度、葉綠素a、大腸桿菌群、重金屬、營養鹽（硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、氨氮、磷酸鹽、矽酸鹽、總磷）、生化需氧量、礦物性油脂、氰化物、酚類、揮發性有機物、農藥。
（三）海域生物：浮游生物（動物性浮游生物及植物性浮游生物）、底棲生物。