區內事業經海關核准開始實施帳冊管理前，應訂定盤存日期，洽請海關派員會同盤存。但委由會計師辦理盤存並簽證者，海關得逕予認定免再盤存。
依前項規定盤存之原料、在製品、半成品、成品、轉運用貨品及自用機器、設備數量，應列入保稅貨品控管。但區內事業得檢具相關證明文件或憑證，報經海關核准改列為非保稅貨品。
區內事業應每年辦理盤存一次，並應於年度盤存前編列保稅原料、在製品、半成品、成品、轉運用貨品及自用機器、設備盤存清冊，以憑查核。但海關、園管局或分局認有必要時，得隨時予以盤存。
前項盤存，除事先經海關核准委由會計師辦理盤存並簽證者外，應由海關派員會同辦理。
保稅貨品經核准暫存於課稅區或因委託加工而無法於盤存日運回者，區內事業應於盤存日十四日前，繕具申請書，敘明貨品存放處所地址或加工廠商名稱及加工處所地址，檢附貨品清冊，向海關申請辦理區（廠）外盤存。
年度盤存之盤存日期，除有特殊情形，事先報經海關核准者，得酌予提前或延長外，距上年度盤存日期最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月。
盤存後發現錯誤時，應於盤存結束之翌日起十四日內，在該項貨品未動用前，向海關申請複查，逾期不予受理。
盤存日前經海關放行之進口保稅貨品，因故無法進廠列盤者，應自提領之翌日起七日內檢附原進口報單與補盤存清冊向海關申請補盤，補盤後申請列入當年度盤存清冊。