本基金之收支、保管及運用，應設空氣污染防制基金管理會（以下簡稱本會），置委員十七人至二十三人，由本部出任當然委員三人，其中一人為召集人，由本部部長或其指派人員兼任之；其餘二人，一人為副召集人，均由本部派員兼任之；其餘委員，由本部就有關機關代表、專家、學者、環保團體及其他民間團體代表聘兼之，並不得由相關產業之大股東擔任。
本會委員任期最長二年，期滿得續聘之，均為無給職。
第一項專家、學者及環保團體代表，不得少於委員總人數三分之二，且環保團體代表不得少於委員總人數六分之一。
本會委員任一性別比例，不得少於委員總人數五分之二。
本會為研商及推動各項空氣污染改善策略之執行，並審議督導各地方政府執行之成效，得設技術諮詢小組。
前項技術諮詢小組，由本會召集人遴選專家、學者組成，並指定一人為小組召集人；小組成員任期二年，期滿得續聘之，均為無給職。