本辦法用詞，定義如下：
一、漁船船主：指持有主管機關核發特定漁業執照之漁業人。
二、仲介機構：指經中央主管機關許可接受漁船船主委託辦理大陸地區漁船船員（以下簡稱大陸船員）之僱用、進入境內水域、接駁、轉換雇主、續僱、解僱、送返及離船等相關業務之機構。
三、經營公司：指大陸地區依海峽兩岸漁船船員勞務合作協議，外派大陸船員提供臺灣地區近海或遠洋漁船勞務，並經中央主管機關公告及刊登政府公報之公司。
四、近海漁船：指以臺灣地區港口為基地之作業漁船。
五、遠洋漁船：指依遠洋漁業條例經許可於公海或他國內水、領海或專屬經濟海域，從事漁撈作業之漁船。
六、直航客船：指依臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法、試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法，經許可得從事臺灣地區或離島兩岸通航港口與大陸地區間海上載客直接運輸之船舶。
七、查驗漁港：指金門、馬祖地區近海漁船船主自行以原僱用漁船接駁大陸船員得停泊之金門、馬祖地區漁港。
八、通航港口：指依臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法
第二條第二項及試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法
第二條公告之港口。
九、暫置場所：指大陸船員岸置處所及暫置區域。