行政院農業委員會動植物防疫檢疫局所屬各分局（以下簡稱各分局）掌理下列事項：
一、輸出入動物與畜、禽、水產品及其他動物檢疫物之檢疫。
二、輸出入植物與植物產品及其他植物檢疫物之檢疫。
三、畜禽屠宰管理事項之執行及督導。
四、畜禽屠宰衛生檢查證明文件之簽發、查核及管理。
五、輸出入肉品檢查證明書之簽發、查核及管理。
六、受理動植物與其產品檢疫之申請及辦理檢疫證明書之簽發、查核及管理。
七、輸出動植物產地之田間檢疫。
八、動植物疫病蟲害疫情與畜禽屠宰管理資訊之蒐集及報告。
九、協助督導地方農業主管機關辦理動植物防疫及種苗之疫病蟲害檢查。
十、其他有關動植物之防疫、檢疫及畜禽屠宰管理執行事項。