本基金之用途如下：
一、醫療發展基金支出。
二、全民健康保險紓困基金支出。
三、藥害救濟基金支出。
四、菸害防制及衛生保健基金支出。
五、預防接種受害救濟基金支出。
六、疫苗基金支出。
七、食品安全保護基金支出。
八、社會福利基金支出。
九、家庭暴力及性侵害防治基金支出。
十、長照服務發展基金支出。
十一、生產事故救濟基金支出。
十二、管理及總務支出。
十三、其他有關支出。
前項第二款所定全民健康保險紓困基金之用途如下：
一、提供經濟困難無力繳納保險費之保險對象無息申貸下列費用：
（一）依全民健康保險法
第二十七條規定之自付保險費。
（二）依全民健康保險法
第四十三條及
第四十七條規定應自行負擔之費用。
二、協助弱勢族群排除就醫障礙支出。
三、補助經濟困難者參加全民健康保險應自付之保險費。
四、管理及總務支出。
五、其他有關支出。
前條第二項第四款之收入，應專供前項第二款用途之用；前條第二項第五款之收入，應專供前項第三款用途之用。
第一項第三款所定藥害救濟基金之用途如下：
一、藥害救濟金之給付。
二、委託或補助其他機關（構）或團體辦理藥害救濟有關事項之支出。
三、委託或補助藥害及藥物副作用防制事項之支出。
四、減少藥害及藥物副作用之獎勵、研究及策略研訂事項之支出。
五、涉及藥害及藥物副作用之國際合作相關事項之支出。
六、執行藥害救濟調查及審議相關費用事項之支出。
七、管理及總務支出。
八、其他有關支出。
第一項第五款所定預防接種受害救濟基金之用途如下：
一、預防接種受害救濟之給付。
二、辦理預防接種副作用之防治及通報支出。
三、辦理減少預防接種副作用之獎勵、研究及策略研訂支出。
四、辦理預防接種受害救濟及預防接種副作用之國際合作支出。
五、辦理預防接種受害救濟之受理、調查及審議支出。
六、委託或補助辦理預防接種受害救濟相關支出。
七、管理及總務支出。
八、其他有關支出。
第一項第六款所定疫苗基金之用途如下：
一、疫苗採購支出。
二、辦理預防接種各項業務與相關設備購置、維護及管理等支出。
三、辦理預防接種相關之研究調查、訓練及國際合作等支出。
四、委託、補助及獎勵辦理預防接種等支出。
五、管理及總務支出。
六、其他有關支出。
第一項第七款所定食品安全保護基金之用途如下：
一、補助消費者保護團體因食品衛生安全事件依消費者保護法之規定，提起消費訴訟之律師報酬及訴訟相關費用。
二、補助經公告之特定食品衛生安全事件，有關人體健康風險評估費用。
三、補助勞工因檢舉雇主違反食品安全衛生管理法之行為，遭雇主解僱、調職或其他不利處分所提之回復原狀、給付工資及損害賠償訴訟之律師報酬及訴訟相關費用。
四、補助依食品安全衛生管理法
第四十三條第二項所定辦法之獎金。
五、補助促進食品安全之相關費用。
六、管理及總務支出。
七、其他有關支出。
第一項第八款所定社會福利基金之用途如下：
一、社會救助事項支出。
二、兒童、少年、婦女、老人、身心障礙者福利及家庭支持事項支出。
三、管理及總務支出。
四、其他有關支出。
第一項第十款所定長照服務發展基金之用途如下：
一、推動長照政策相關事項之支出。
二、長照發展及品質促進之相關費用。
三、提供長照服務之費用。
四、發展長照服務量能或新增型態之費用。
五、促進長照人力資源及其他長照資源發展之獎助。
六、長照相關研究及創新服務之獎助。
七、管理及總務支出。
八、其他有關支出。
第一項第十一款所定生產事故救濟基金之用途如下：
一、生產事故救濟給付。
二、辦理生產事故救濟之受理及審議相關支出。
三、委託、捐（補）助及獎助（勵）辦理生產事故救濟行政業務相關支出。
四、管理及總務支出。
五、其他有關支出。