醫療機構因配合中央流行疫情指揮中心防疫需要，經中央流行疫情指揮中心或衛生主管機關書面通知停診者，其在停診原因存續期間之損失，得向中央衛生主管機關申請補償。但已依傳染病防治法或其他法規領取補償者，不得重複申請。
前項停診損失之補償基準，依下列規定辦理：
一、全民健康保險（以下簡稱健保）特約醫療服務機構全面停診者：以中華民國一百零八年同期之健保申報醫療費用點數及掛號費給予補償，申報點數不包括藥費及特殊材料費，點數以一點新臺幣一元計算，或以停診原因存續期間所應支出之基本人事費、維持費及掛號費給予補償，擇一申請。特約未滿一年之健保特約醫療服務機構及非健保特約醫療服務機構，以停診原因存續期間所應支出之基本人事費、維持費及掛號費給予補償。
二、健保特約醫療服務機構部分停診，整體醫療費用未及中華民國一百零八年同期者：以停診原因存續期間被停診部分所應支出之基本人事費、維持費及掛號費給予補償。特約未滿一年之健保特約醫療服務機構及非健保特約醫療服務機構部分停診者，亦同。