農業資源組掌理事項如下：
一、作物安全監測與管制、農產品溯源輔導及管理、土壤肥料、農業機械與智能化、資源利用發展方案之規劃、執行及監督。
二、作物安全監測與管制、土壤肥料、農田地力改善、農業機械與智能化、資源利用之研究、示範及推廣。
三、肥料、農業用電、用油等農業資源管理之政策規劃、法規研擬、執行及監督；肥料製造與輸入登記證之核（換）發、管理及監督。
四、養蜂產業發展政策、農作物公害協助查處案件與重金屬等污染監測之規劃、輔導及監督。
五、農業設施容許使用業務法規之規劃、研擬、釋示、監督；農糧產業綠能發展之審核、監督及執行。
六、農耕機械農用證明文件之核發及農業機械使用免徵營業稅燃料用油之憑證管理。
七、有機農業輔導與管理之政策規劃、法規研擬、執行及監督。
八、有機農業發展方案與研究之規劃、訂定、示範、推廣、執行及監督。
九、有機農產品查驗與農作物農藥殘留監測之規劃、管理及監督。
十、其他有關農業資源事項。