本條例所定中央主管機關之主管事項如下：
一、全國性飲用水管理之政策、方案與計畫之策劃、訂定及督導執行事項。
二、飲用水管理相關法規之執行、訂定、研議及釋示事項。
三、飲用水管理之研究發展及宣導事項。
四、全國性飲用水管理人員之訓練及管理事項。
五、直轄市及縣（市）飲用水管理業務之督導事項。
六、全國性飲用水水質監測及檢驗事項。
七、全國性或直轄市及縣（市）間飲用水管理之協調或執行事項。
八、飲用水管理之國際合作及科技交流事項。
九、全國性飲用水管理之資料統計及彙整事項。
十、其他有關全國性飲用水管理事項。