捕撈漁船出港後，船長應每日透過主管機關指定之電子漁獲回報系統回報漁獲資料；漁獲回報應詳實正確；無漁獲者，亦應回報。
電子漁獲回報系統當日未能成功回報，經營者或船長應於次日傳真回報漁獲資料予主管機關或受託專業機構；其漁獲資料，應經經營者或船長簽名。
電子漁獲回報系統連續五日未能成功回報，視為電子漁獲回報系統故障，應在三十日內修復。
漁船電子漁獲回報系統，當航次故障累計十五日以上者，主管機關得命令漁船立即停止作業，限期直航返回指定港口修復電子漁獲回報系統，並接受主管機關派員檢查，且電子漁獲回報系統經受託專業機構確認可正常回報資料，始得出港。
前項漁船返航、進港、電子漁獲回報確認等費用，由經營者負擔。