運輸管理科掌理事項如下：
一、汽車運輸業籌備立案之審查核定。
二、汽車運輸業之督導及管理。
三、汽車運輸業營運資料之統計及管理。
四、計程車客運服務業、運輸合作社與無線電台之督導及管理。
五、公路公共運輸之規劃、審核及推動。
六、運輸車輛動態資訊系統之監督管理；資料統計、彙整分析與決策支援之規劃及整合運用。
七、重點汽車運輸業車輛之規劃納管。
八、全國各直轄市、縣（市）客運動態系統資訊之協調、整合與加值創新管理及服務之提供。
九、運輸車輛動態資訊系統功能與使用介面之改善；系統相關教育訓練及宣導之推廣。
十、其他有關運輸管理事項。