運輸組掌理事項如下：
一、汽車運輸業之審議、籌設、運價、審核及相關補貼業務之督導管理。
二、汽車運輸業務之規劃、考核、推廣及宣導。
三、汽車運輸業之營運風險管理、危機處理、營運事故通報及防制。
四、汽車運輸業之營運安全教育、宣導、研究及規劃。
五、汽車運輸業之路線規劃及審議；聯營、聯運、轉運接駁之督導及執行。
六、公路公共運輸業票證及運輸資訊業務之管理。
七、公路公共運輸計畫之審核、執行及督導；公路公共運輸系統之規劃、整合及推廣。
八、溫室氣體減量及因應事項之推動。
九、違反汽車運輸業相關法規之營運稽查及裁罰處理。
十、其他有關公路運輸事項。