港航課掌理下列事項：
一、港區範圍內船舶航行安全及秩序管理事項。
二、船席指定及調配管理事項。
三、港區安全管理及災害事故處理事項。
四、航行障礙避航通告及潮汐資料蒐集事項。
五、港區環境清潔及衛生管理事項。
六、港區範圍內港工作業管理及許可證核發事項。
七、信號台設備維護管理及船舶航行、交通管制事項。
八、船舶檢查丈量及建造、改造船圖審核事項。
九、船舶登記註冊、船舶運送業、船務代理業、海運承擭運送監理事項。
十、船員及引水人及動力小船駕駛人監理事項。
十一、打撈業管理事項。
十二、船舶海事報告簽證事項。
十三、資訊業務之開發、建置、執行事項。
十四、其他交辦事項。