主管機關對既有經營兩岸海運直航、小三通固定客運航線、國內海運客貨運固定航線（含小三通固定貨運航線）之船舶運送業者、兩岸海運小三通港口客運場站內之商業服務設施業者及經營小三通固定客運航線之船務代理業者因配合政府政策停航者，其補貼項目及基準如下：
一、兩岸海運直航固定客運航線：自配合政府政策停航之日起，至恢復營運之前一日止，補貼該航線業者所營運船舶靠泊國際商港之碼頭碇泊費、垃圾清理費、靠泊國際商港為維持船舶發動（含港內移泊）之燃油費、船員最低月薪資。
二、兩岸海運小三通固定客運航線：自配合政府政策停航之日起，至恢復營運之前一日止，補貼該航線業者所營船舶靠泊國內商港之碼頭碇泊費、垃圾清理費、辦公室租金、船舶與乘客保險費（依停航期間占全年度比例折算）、船舶特別檢查、定期檢查與臨時檢查所進行維修之費用、一般員工基本工資及船員最低月薪資。
三、國內海運客貨運固定航線（含小三通固定貨運航線）：自配合政府政策停航之日起，至中華民國一百十年三月三十一日止，補貼該航線業者所營船舶靠泊之碼頭碇泊費、垃圾清理費、辦公室租金、船舶與乘客保險費（依停航期間占全年度比例折算）、船舶特別檢查、定期檢查與臨時檢查所進行維修之費用、一般員工基本工資及船員最低月薪資。
四、兩岸海運小三通港口客運場站內之商業服務設施業者（餐飲賣店、免稅商店、一般商店、自動販賣機、商業廣告、金融保險櫃臺、電訊服務及其他提供旅客具商業性質之服務者），自政府宣布小三通客運停航之日起至中華民國一百十一年十二月三十一日止，給予全額場地租金補貼。
五、兩岸海運小三通固定客運航線因配合政府政策停航，自中華民國一百零九年七月一日起至一百十年六月三十日止，補貼其船務代理業者所僱員工基本工資；另自一百十年七月一日起至恢復營運之前一日止，業者代理航次數較一百零八年同月份減少百分之五十以上者，亦同。
六、兩岸海運小三通港口客運場站內受疫情影響營運艱困之商業服務設施業者，補貼其自中華民國一百零九年七月至一百十一年十二月至多三十個月之駐站與站外提供實體展售場所專職服務兩岸海運小三通旅客之銷售、配送及相關輔助作業員工薪資，補貼額度以每位員工經常性薪資之百分之四十計算之，且每位員工每月薪資補貼額度以新臺幣二萬元為上限。
七、國內海運客運固定航線：自中華民國一百十年四月一日起至一百十年十二月三十一日止，補貼業者所營航線載客量較一百零八年同月份減少百分之五十以上者，依載客量下降幅度，補貼其油料費用、一般員工基本工資及船員最低月薪資，最高補貼百分之八十為限。受補貼之航班，以業者提報航政機關許可之固定航班為限。
前項第六款所稱營運艱困之商業服務設施業者，指其營業額未滿中華民國一百零八年同一月份之百分之五十，並有約定繳交權利金者。
第一項第一款至第三款及第五款之航線因配合政府政策或防疫需要減班者，第一款及第二款自減班日起；第三款自減班日起至中華民國一百十年三月三十一日止；第五款於一百零九年七月一日以後之減班日起，依業者每月實際營運航班數與一百零八年同月份實際營運航班數相較之減班幅度折算補貼額。
經營國內海運客運固定航線之船舶運送業者，因民行需求開航者，其所營航線載客量較中華民國一百零八年同月份減少百分之二十以上者，依載客量下降幅度補貼其油料費用及船員最低月薪資，最高補貼百分之八十為限。受補貼之航班，以業者提報航政機關許可之固定航班為限。補貼期間自中華民國一百零九年二月一日起至一百十年三月三十一日止。本項補貼，與第一項及前項補貼應擇一適用。
經營載客小船業者受嚴重特殊傳染性肺炎影響者，得補貼該業者所僱駕駛及助手定額薪資。
持有地方政府核發之觀光管筏或海上平台執照之業者受嚴重特殊傳染性肺炎影響者，得補貼該等業者營運資金。
經營國內海運客運非固定航線業者受嚴重特殊傳染性肺炎影響者，得補貼該業者所僱船員定額薪資。