航政司掌理事項如下：
一、航業、船舶、船員、海事、自由貿易港區、商港、民用航空相關法規訂修及解釋之擬議。
二、航政業務相關國際約章之擬議、採用、發布施行等國內法化作業。
三、海運、自由貿易港區、商港、民用航空發展政策及計畫之核議。
四、海運航業、民用航空事業、港務及機場公司業務之督導。
五、商港與航站管理、建設之監督及核議。
六、自由貿易港區業務之督導及考核。
七、船舶購建、檢查、丈量、登記或註冊及證書核發之監督。
八、船員與駕駛訓練、證書核發業務及其訓練機構考核之監督。
九、航路標識、引水及船舶航行安全之監督。
十、其他有關海運、商港及民用航空事項。