隔離醫院於指揮中心成立期間，應依指揮中心指揮官或區指揮官指示優先收治傳染病病人，並於必要時，啟動隔離醫院一定區域予以隔離治療，或採分艙分流或分區照護。
前項醫院及指揮中心指揮官指示設立之隔離處所，應配合傳染病防治醫療網之運作。
區指揮官經評估有啟動隔離醫院或請求跨區協助支援之必要時，應以書面敘明理由，報經指揮中心指揮官同意；有緊急狀況時，得先以口頭報准，並於啟動後三日內補送書面。
啟動之解除，以指揮中心指揮官指示之日期或指揮中心解散當日為解除日。指揮中心得先口頭通知被啟動醫院，並於啟動解除後三日內補送書面。