區指揮官應依中央主管機關指示，辦理下列事項；區副指揮官襄助之：
一、審查傳染病防治醫療網各區之相關計畫。
二、輔導、考核地方主管機關、醫療機構有關傳染病防治事項。
三、輔導、考核地方主管機關、醫療機構定期辦理年度傳染病之急重症、幼兒、血液透析、孕婦或其他特殊病人轉運送演練。
四、跨直轄市、縣（市）發生疫情時，協助中央主管機關調度區內、外傳染病資源，進行應變工作。
五、協助規劃疫後之復原工作。
六、其他經指示辦理之事項。
區指揮官得邀集醫療、感染管制、公共衛生與其他相關領域專家學者及地方主管機關代表，提供該區傳染病防治事項之諮詢意見。