免稅商店及其存儲於自用保稅倉庫之保稅貨物，應每年由海關派員會同辦理一次年度盤存。其盤存得事先申請海關核准委由會計師辦理並簽證，海關得派員會同辦理。
年度盤存之盤存日期距上年度盤存日期，最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月。其有特殊情形，事先報經監管海關核准者，得酌予提前或延長。但海關認有必要時，得隨時予以盤存。
前項盤存，事後發現錯誤時，得由免稅商店在該項貨物未動用前向海關申請複查，經海關查明屬實者准予更正。但逾盤存之翌日起二週申請者，不予受理。
免稅商店應於盤存之翌日起二個月內，根據上年度結算報告表，本年度盤存清冊、帳冊、進出口報單、移倉申請書及其他進出倉紀錄、報廢數等以電腦編製結算報告表，將盤存清冊及結算報告表以一份紙本二份以電子媒體儲存，送交監管海關審核。但經監管海關核准者，得以電子媒體儲存代替紙本，送交監管海關審核。
免稅商店年度盤存得申請海關核准實施不停工盤存或非上班時間盤存，其實施方式於免稅商店年度盤存作業規定中訂定。申請非上班時間盤存者，應依海關徵收規費規則徵收特別處理費。