申請適用本辦法之投資抵減者，應於辦理交貨當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前四個月起至申報期間截止日內，登錄本系統，依本系統格式填報，並上傳投資計畫及申請適用投資抵減之支出項目有關之證明文件，完成線上申辦作業。
中央目的事業主管機關對前項申請，應就其資格條件是否符合
第七條規定，以及交貨當年度投資支出是否符合
第二條至
第六條及
第八條規定進行審查。
中央目的事業主管機關應於交貨當年度營利事業所得稅結算申報截止日後七個月內完成核定，由本系統傳送投資計畫與購置項目核定結果；其經審查不符
第七條規定者，中央目的事業主管機關應函送資格條件審查意見予申請人所在地稅捐稽徵機關，並副知申請人。
申請人所在地稅捐稽徵機關應自行登錄本系統，下載前項核定結果以辦理核定投資抵減稅額。