犬、貓之所有人或管理人未依
第十二條第一項規定填具申請書或檢附文件者，主管機關得依本條例
第二十八條第一項第三款規定，對犬、貓為必要之處置，所需費用，由所有人或管理人負擔。但經金門、馬祖檢疫站認定無疑似感染狂犬病之臨床病徵，且符合下列規定之一者，得由所有人或管理人申請進出金門、馬祖地區：
一、由臺灣本島未設有檢查櫃檯之港、站出發，或未向檢查櫃檯申請，而進入金門、馬祖地區者，應於金門、馬祖檢疫站指定之機構完成狂犬病預防注射及辦理寵物登記，並簽發進出離島處理紀錄表後放行。
二、進入金門、馬祖地區已完成狂犬病預防注射及辦理寵物登記後，再返回臺灣本島者，不受首次注射或寵物登記應滿日數之限制。
三、需至臺灣本島就診且無法施打狂犬病預防注射者，檢附寵物登記或當地就診紀錄證明文件，及臺灣本島動物醫療機構預約就診證明文件，始得放行。
前項犬、貓進出金門、馬祖地區後，金門、馬祖檢疫站應副知其目的地之直轄市、縣（市）主管機關辦理後續追蹤及查處。
偶蹄類、單蹄類及禽、鳥類動物之所有人或管理人未依
第五條、
第九條或
第十一條規定填具申請書或檢附文件者，金門、馬祖檢疫站得通知所有人或管理人限期補正；屆期未補正者，得逕予退運或通知領回；未領回者，逕予撲殺後銷燬。所需費用，均由所有人或管理人負擔。
生鮮、冷藏、冷凍動物產品之所有人或管理人未依
第五條或
第十一條規定填具申請書或檢附文件者，金門、馬祖檢疫站得通知所有人或管理人限期補正；屆期未補正者，得逕予退運或通知領回；未領回者，逕予銷燬。所需費用，均由所有人或管理人負擔。