申請案件就使用造成之生態環境損失，應依下列原則於範圍內劃設資源保育區實施彌補復育，其面積不得小於扣除不可使用區面積之百分之三十：
一、區位應優先考量自然地形、地貌及地質條件劃設。
二、除必要之道路、公共設施或必要性服務設施等使用無法避免外，應設置完整集中之資源保育區。
三、不得作為建築基地或規劃道路、公共設施或必要性服務設施。
四、滯洪設施如採生態工程方式設置，兼具滯洪、生物棲息與環境景觀等功能，經國土計畫審議會同意，其面積得納入計算。
五、應配合申請案件範圍及其周邊地區生態資源，提出彌補復育之具體措施。
申請案件屬國防、重大之公共設施或公用事業計畫，申請人敘明理由，經國土計畫審議會同意者，得於與申請案件同一鄉（鎮、市、區）內劃設資源保育區，或以其他具體可行之彌補復育措施替代。