申請案件為彌補或復育其開發所造成生態環境之面積損失，應於申請案件範圍內營造同質性或同功能性之棲地，且彌補或復育之面積比例原則應達到一比一，其面積比例不足時，經國土計畫審議會同意，得採取下列替代措施：
一、於申請案件範圍外補足同質性或同功能性之棲地，並以使用計畫範圍鄰近地區為優先。
二、配合其他法律於海域劃設生態敏感類型之保護（育、留）區目的事業主管機關需求，辦理保護（育、留）區保護標的相關復育工作。
三、提出海洋資源保育、海洋產業推廣或其他具體可行之措施替代，但以屬國防、重大之公共設施或公用事業計畫之申請案件為限。